Aufgrund der Internetrecherche, die ich dazu durchgeführt habe, gehe ich davon aus, dass gewissermaßen in ein umgekehrtes Henne-und-Ei-Problem geraten bist:
MySQL ändert immer mal wieder was an der Art und Weise, wie die Informationen auf dem Datenträger abgelegt werden. Weil bestimmte Datenstrukturen aber nur zuverlässig funktionieren, wenn das logische und das physische Abbild zueinander passen (z.B. Indizes), muss nach Updates, die solche Änderungen mit sich bringen, das mysql_upgrade ausgeführt werden.
In deinem Fall ist es vielleicht einmal bis mehrmals nicht gemacht worden und hat dazu geführt, dass die von mysql_upgrade ausgeführten SQL-Abfragen aufgrund dieser potentiell immer größer werdenden Inkonsistenzen, eben nicht erfolgreich abgeschlossen werden konnten.
Es ist vielleicht nicht die richtige Antwort. Allerdings habe ich das Gefühl, dass ich nicht so weit daneben liege. 😉
Wenn das Problem damit für dich gelöst ist, vergiss nicht, das Thema entsprechend zu markieren.