1. Erstmal MATE wieder deinstallieren.
2.
sudo apt-get --purge autoremove
3. Neu einloggen und hoffen, dass du noch nix verstellt hast, was z.B. die Farbgebung dann erst Recht vom System ins Benutzerprofil kopieren würde.
4. Wenn 3. nicht reicht, Gastsitzung testen - bei Erfolg neuen Nutzer anlegen, welcher frisch ist:
sudo adduser mustermann
Alles einfach mit Enter bestätigen/ freilassen - bis auf das PW. Damit testen.
5. Damit eingeloggt, einfach die Daten von /home/BENUTZER_ALT rüberkopieren. Bei Bedarf auch versteckte Ordner wie .mozilla für die Lesezeichen und Einstellungen von Firefox (BEVOR du den als erstes Mal wieder gestartet hast, sonst gibt es Konflikte mit doppelt vorhandenen Ordnern!) und .thunderbird für Emails.
Bei Bedarf weitere .config bzw. .config/dconf kopieren, aber Vorsicht: Gerade bei dconf könnten die störenden Einstellungen beim erneuten Login wiederkommen! Also besser Stück für Stück jeden Tag was holen, was fehlt und bei Bedarf wieder drauf verzichten, also bei Störungen einfach wieder entfernen - umbenennen, nicht sofort löschen!
Hintergrundinfos: Software Problembehebung, dconf-editor, Verzeichnisstruktur usw.
Grüße, Benno