Man findet mit verschiedenen Befehlen dasselbe heraus: Wieviele Hardlinks hat ein Verzeichnis (und seine Unterverzeichnisse) oder welche bzw. welche gehören zusammen (einer Datei).
Die Größenanzeige von du und Nautilus bei Hardlinks ist ebenfalls verschieden gestrickt.
Wenn du noch wissen willst, warum deine Ordner so sind, wie sie sind, dann siehe hier:
http://forum.ubuntuusers.de/post/3269237/
Falls dadrauf (Fragen + Befehle) noch eine interessierte AW kommt, sehen wir weiter, welchen Befehl wir auf welchen deiner Ordner wir am sinnvollsten mal loslassen könnten.
Grüße, Benno