Die Angabe zu --link-dest im Wiki trifft nicht zu.
Man kann natürlich einen absoluten Pfad angeben. Wenn man aber einen relativen Pfad angibt, bezieht sich dieser nicht auf den aktuellen Ordner (working directory), in dem das Skript aufgerufen wurde, sondern die Pfadangabe ist relativ zum Ziel-Ordner.
Ob dein Konstrukt "... --link-dest=quelle quelle ziel" funktionieren kann, kann ich mir nicht vorstellen. --link-dest ist ja der Vergleichs-Ordner, mit dessen Hilfe festgestellt werden soll, ob Hardlinks oder Kopien erstellt werden sollen. Wenn das überhaupt so funktioniert, müsste es heissen "... link-dest=ziel quelle ziel".
Machst du kein inkrementelles Backup? Das hier im Wiki beschriebene "Backup-Skript mit rsync" legt zum Beispiel für jede Sicherung einen neuen Ordner mit dem Tagesdatum als Name an, und erstellt zum Ende der Sicherung einen Link auf diesen Ordner mit dem Namen "last". So lautet der rsync-Befehl dann "... link-dest=../last quelle tagesdatum".
Zu Beginn der Sicherung verweist link-dest=../last also immer auf die vorhergehende letzte Sicherung, und die Quelle wird in einem Ordner mit dem neuen Tagesdatum per Hardlinks gesichert; neue/geänderte Dateien werden kopiert, und für fehlende Dateien werden die Hardlinks entfernt.
Nur noch kurz zum Datenvolumen für tägliche inkrementelle Sicherungen. Das Volumen meiner zu sichernden Daten beträgt ca. 600 GBytes. Trotzdem passen auf meine externe 2TB-Platte Hunderte von Tagessicherungen. Ordner, die älter als ein halbes Jahr sind, lösche ich monatsweise. So habe ich noch über 400 GBytes Platz übrig.
Ist dein Ziel-Ordner lokal? Auf entfernten Ordnern bzw. bei Sicherung auf einen anderen Rechner per ssh funktionieren Hardlinks nicht, soweit ich mich erinnere.