Ich bin ehrlich gesagt auch noch am rätseln, wie das gelöst ist. Die .desktop Fils scheinen im /usr Verzeichnis zu liegen und im Launcher wird nur darauf verlinkt.
Möglich, dass man mit dconf was findet. Damit hab ich mich noch nicht befasst
Hier findet sich in der Tat unter /desktop/unity/launcher/ der Eintrag "favorites" mit den Namen der .desktop-files als Inhalt. Damit sollte was zu machen sein...