Ich habe bis jetzt keinen besseren Weg gefunden, als einen Texteditor zu verwenden:
sudo touch /usr/share/applications/<appname>.desktop
gksudo gedit /usr/share/applications/<appname>.desktop
Die Starter-Datei muss dann folgenden Inhalt haben:
[Desktop Entry]
Name=Name der Anwendung
Comment=Beschreibung der Anwendung
Exec=Pfad
Icon=Pfad zum Icon
Type=Application
Categories=Kategorie1;Kategorie2
StartupNotify=true
Terminal=false
Du kannst natürlich auch einen Starter auf deinen Desktop erstellen, ausprobieren und dann ins richtige Verzeichnis verschieben.
sudo mv ~/Desktop/<appname>.desktop /usr/share/applications/<appname>.desktop
Die sind dann natürlich noch nicht im Dock, erscheinen aber im normalen App-Menü (Super+A). Wenn du die Anwendung startest kannst du mit rechts auf das Symbol im Starter klicken und "Im Starter behalten" auswählen.