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Ich hab hier ein komplettes mit dm-crypt/luks verschlüsseltes System, welches ich auf eine externe Festplatte sichern will.

Geht das nur mit dd, oder gibt's noch andere Tools, die mit der Verschlüsselung klar kommen?

Sobald der Container offen ist, kannst du den sichern genauso wie ein unverschlüsseltes System auch.

Interessant wirds wenn das Backup auch wieder verschlüsselt sein soll, dann brauchst du auf der Backup-Platte wieder einen eigenen LUKS Container.

Ich mache das auch so: Festplatte vollverschlüsselt (mehrere Container mit LVM drüber), Backupplatte ist dann ein eigener LUKS Container nur mit Dateisystem direkt drauf, und das ganze geht dann mit den üblichen Backupprogrammen (tar, dar, rsync, ...) rüber.

Du könntest auch eine 1:1 Kopie der gesamten Festplatte samt LUKS machen, aber da musst du halt jedes Mal eine Komplettkopie machen - so Scherze wie partimage das nur den tatsächlich belegten Teil kopiert, funktionieren mit Verschlüsselung nicht.

Ok d.h. dann das System per LiveCD starten und einfach das komplette / als tar auf die externe Festplatte sichern?

Und welche Verzeichnisse sichert man dann nicht mit, /proc, /sys etc.?

Solange du unter / nichts mountest, sicherst du alles. Zumindest, wenn du alles haben willst sprich nach der Wiederherstellung Ubuntu nicht neu installieren müssen willst.

Ansonsten eben nur /home, /var, /etc, /root... /usr/local falls du das benutzt.