Hallo Christian,
es gibt Programme wie "SafeGuard Easy" von Utimaco, welche eine PBA (Pre-Boot Authentication) vornehmen und für das OS transparent die Platte (eigentlich eher Partition) verschlüsseln. AFAIK kann aber zumindest SafeGuard Easy nicht mit Linux umgehen.
Vorschlag:
Du sicherst Linux mit cryptsetup-luks ab und unter Windows verwendest du einfach das Microsoft-eigene EFS, um z. B. den kompletten Ordner "Eigene Dateien" zu verschlüsseln. Nachteil wäre hier, dass z. B. im temporären Verzeichnis unverschlüsselte Datenleichen verweilen können und du aus Linux aufgrund dem EFS nicht auf die Daten zugreifen kannst (korrigiert mich wenn ich mich irre).
(Persönliche Anm.: cryptsetup-luks hat mich unter Feisty gut fünf Abende bei Laune gehalten, da noch kein Tutorial dafür existierte. Je nach Linux-Erfahrung ist eine andere Lösung ggf. leichter zu implementieren.)
Bei mir ist es übrigens so, dass ich bei meinem Notebook (ebenfalls Dual-Boot) auf Verschlüsselung verzichtet habe.
Lediglich die BIOS-gesteuerte SATA-Passwortfunktion nutze ich, da diese schonmal nicht von jedermann mal eben so umgangen werden kann. Für die Cracks, die da noch nicht aufgeben ist dann noch mein TrueCrypt-Volume ein Schmankerl, in dem ich persönliche Daten aufbewahre.