Wenn Du dein Windows System eigentlich nie bootest, wird deine NTFS Partition von Windows eigentlich nie geprüft. NTFS mit Linux funktioniert bei mir auch einwandfrei. so richtig schöne finde ich die Mischung nicht.
Gefühlssache also. Kein Problem damit. So richtige Probleme hast du mit der Mischung ja auch nicht.
Die Partitionsgrößenempfehlungen sind aus meiner Erfahrung gewachsen.
Ich hatte früher öfter schlechte Erfahrungen mit zu kleinen Root-Partitionen (deshalb auch die Nachfrage). Das die zu groß sind, hat sich nie negativ ausgewirkt. Das sind meine konkreten Erfahrungen.