Wir installieren auch schon mal Software ohne apt und Synaptic zu verwenden.
Hier kommt rootkithunter zum tragen. Was macht das Tool?
" rootkithunter - Scans for rootkits, backdoors, and sniffers"
http://www.rootkit.nl/projects/rootkit_hunter.html
Das Tool ist sogar crontabfähig und root wird täglich per Mail über den Scanverlauf informiert.
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weitere Tools unter http://directory.fsf.org/security/system/