Wenn es um das aufräumen im allgemeinen geht, dann sei auch noch apt-get autoclean und apt-get autoremove zu erwähnen...
autoclean
Heruntergeladene Pakete entfernen
Pakete, die installiert wurden, werden normalerweise nach dem Herunterladen in einem speziellen Cache-Archiv gespeichert. Auf diese Art kann man ein Paket reinstallieren ohne es neu herunterladen zu müssen. Der Nachteil ist, dass dieses Archiv mitunter recht groß werden kann. Um es zu leeren, benutzt man entweder den Befehl sudo apt-get autoclean autoclean entfernt dabei aber nur Pakete, die aus den eingetragenen Paketquellen nicht mehr heruntergeladen werden.
autoremove
Automatisch installierte Abhängigkeiten entfernen
Ab Ubuntu Edgy Eft (6.10) merkt sich die Paketverwaltung Abhängigkeiten, so dass einmal durch die automatische Installation mitinstallierte Pakete auch wieder einfach deinstalliert werden können. Dieses Aufräumen kann man mit sudo apt-get autoremove einleiten.