2 Festplatten würde ich bei der doch etwas stärkeren Ausstattung anraten, weil durch eine getrennte Festplatte für System/swap und Daten der Flaschenhals Festplatte etwas abgemildert werden kann.
Man kann kein System bauen, welches sich für ein paar Jahre auf hohem Niveau befindet, wenn die Aussichten für die folgenden Jahre nicht deutlich sind.
Was in den letzten Monaten sehr wohl deutlich wurde ist, daß eine QuadCore-CPU für die allermeisten Nutzer wenig sinnvoll ist und daß mehr Gigahertz nicht unbedingt nötig/sinnvoll sind → z.B. Spiele: Der Mehrwert/die Mehrleistung einer CPU von 3ghz (E8400) verglichen mit einer z.B. 2.5ghz (e7200) ist verglichen am Mehrpreis niedrig (kaum fühlbar), da wirkt sich eine bessere Grafikkarte stärker aus.
In Zukunft kann es sogar durchaus sein, daß die CPU-Leistung noch weniger Einfluss auf die Rechnerleistung, vor allem im Bereich Video-, Audio und Bildbearbeitung, haben wird. Ursächlich sind Trends, wie sie mit GPGPU, CUDA (Nvidia), CTM bzw. StreamSDK (Ati) und OpenCL (Apple et al.) im Kommen sind. Ein Bericht dazu: http://www.zdnet.de/enterprise/client/0,39023248,39155930,00.htm
Damit würde ich also eher die CPU kleiner auswählen und bei der Grafikeinheit auf die Anzahl der Stream-Processoren/Stream-Einheiten achten.
Wenn Du eher gelegentlich unter dem anderen Betriebssystem spielst und allgemein mehr Wert auf Stromsparen legst (mit PowerPlay), dann bietet sich die Radeon HD 3850 / 3870, z.B. passiv von Sapphire (um Eur 100,- bis 130,- bzw. eine billigere mit zusätzlichem Accelero S1 für ca. 90,-) an bzw. die HD 4850 (ca. 140,-). Erstere sind noch etwas sparsamer und unter Linux (auch Spiele) fast gleichwertig, letztere ist (vor allem bei DX10)-Spielen eine Klasse besser. Zudem dürfte damit durch den möglichen Einsatz der freien Treiber auch mehr
Druck auf Nvidia ausgeübt werden um ebenfalls die Spezifikationen etc. offen zu legen.
Preis/Leistungssieger für Linux und Spiele bleibt aber zur Zeit noch die 8800GT, wie angegeben mit dem Accelero S1 für <120,- allerdings zieht diese vor allem im Idle mehr Strom als die ATi-Modelle.
Bei den Mainboards kann man viel Geld ausgeben für das neueste Modell um dann eventuell noch die übernächste Generation an Prozessoren bzw. Speicherriegel "hoffentlich" einsetzen zu können oder man entscheidet sich für ein günstiges und bewährtes Modell, das den Anforderungen derzeit entspricht und in einigen Jahren eventuell ausgetauscht wird.
Ich würde den letztgenannten Weg empfehlen, und zwar nicht nur von dem finanziellen Standpunkt betrachtet.
Als Basis für Intel würde ich den e7200 zusammen mit einem P31 z.B. von Gigabyte oder einem schlichteren P35 z.B. Foxconn P35AX-S.
Dazu je nach Mainboard einfachen DDR2-800 Speicher, eventuell (z.B. für das Foxconn) 1066er - der erhöhte Durchsatz macht sich dabei durchaus etwas bemerkbar.
Für AMD entweder ein bewährtes AM2-Mainboard wie Gigabyte GA-M56S, MSI K9A oder ein vergleichsweise günstiges Board für AM2+ auf AMD770 Basis wie Gigabyte GA-MA770-DS3, dazu dann einen nicht auf Ultimo getakteten Prozessor, eventuell aus der Stromsparliga (BE, 4050, 4850 z.b.)
Hier ist günstiger DDR2-800 anzuraten, bei geringem Preisunterschied auch mit CL4 (z.B. von Aeneon, die xtune Serie, mit 1.8v bei CL4).
Übertakten würde ich da, wenn überhaupt, nur sehr moderat um ca. 10-20%.
Dafür würde ich das Gehäuse so auswählen, daß es vom Aussehen und so gut zur Einrichtung passt und auch bei der Tastatur/Maus eher etwas mehr anlegen - nicht zu vergessen den Monitor, vor dem man u.U. mehrere Stunden am Tag sitzt.
Welche Artikel nun zusammen zu nehmen sind, würde ich auch von dem Angebot des Händlers abhängig machen. Anregen würde ich, um einen Teil wie das Gehäuse in der Schweiz (z.B. von Steg) zu ordern und den Rest z.B. von Mindfactory (ca. Euro 30,- Versandkosten) - was aber immer noch deutlich günstiger ausfallen würde als die ursprüngliche Lösung.